時間 | 授課題目 | 授課內容 |
第一天上午 9:00-12:00 |
代謝組學研究技術與實踐 |
1、代謝組學研究思路和流程,全局了解代謝領域新方向 1.1 代謝組學概述 1.2 代謝組學樣本的采集、保存與制備的注意事宜 1.2 代謝組學的應用 2、代謝組學數據采集與預處理,決定數據統計結果的準確性 2.1 代謝組學相關平臺介紹 2.2 常用軟件和數據庫介紹(數據采集、數據預處理、代謝物鑒定) 2.3 數據預處理與分析 3、基于SIMCA-P軟件的代謝組學數據多元統計分析與實操 3.1 樣本分類(PCA、PLS-DA、OPLS-DA) 3.2 差異變量篩選(S-plot、S+V-plot、VIP等) 3.3 常見圖形結果解讀 |
第一天下午 14:00-17:00 |
網絡藥理學研究技術與實踐 | 4、網絡藥理學研究思路和流程 5、網絡藥理學數據分析與實操 5.1 化學成分的獲取與篩選(Pubchem、TCMSP數據庫、TCMID數據庫、Swiss ADME數據庫等) 5.2 中藥化學成分靶點獲。═CMSP數據庫、BATMAN-TCM數據庫、Similarity Ensemble Approach (SEA)數據庫、Swiss Target Prediction數據庫、HIT2.0、HERB等) 5.3 疾病靶點富集數據庫(DisGeNET數據庫、GeneCards數據庫、OMIM數據庫等) 5.4 化合物與疾病靶點映射(韋恩圖) 5.5 PPI網絡分析(PPI網絡構建、核心節點的篩選) 5.6 富集分析(DAVID數據庫、Metascape 數據庫、KOBAS數據庫) 5.7 通路可視化分析工具(氣泡圖、柱狀圖) 5.8 靶點組織定位分析 5.9 網絡圖構建—Cytoscape(數據導入、節點關系的建立、節點屬性計算、調整網絡樣式、篩選及過濾、網絡圖導出) |
第二天上午 9:00-12:00 |
代謝組學與網絡藥理學結合研究技術與實踐 | 6、為什么要在網絡藥理學中結合中藥代謝組? 7、代謝組學與網絡藥理學結合研究思路 8、代謝組學與網絡藥理學結合分析技術 8.1 代謝組學與網絡藥理學數據的獲。℉MDB數據庫、成分靶點獲取、疾病靶點富集數據庫、 代謝專屬數據庫) 8.2 代謝組學功能分析(富集分析、通路分析等) 8.3 代謝小分子網絡關聯分析(Metscape軟件、OmicsNet數據庫) 8.4 代謝物-代謝物網絡的構建與分析 8.5 代謝組學與網絡藥理學功能層次關聯分析 |
第二天下午 14:00-17:00 |
文獻解讀及實例解析 |
9、文獻解讀:代謝組學與網絡藥理學結合的文章分析流程和套路 9.1 中藥化學成分靶點與代謝小分子網絡分析實例(Food Res Int. 2020, 136:109503) 創新點:采用Metscape軟件對代謝組學發現的差異代謝物和中藥成分的藥物靶點關聯,聚焦關鍵蛋白。 9.2 代謝組學與網絡藥理學功能層次關聯分析實例(J Ethnopharmacol. 2021,264:113281. ) 創新點:采用功能富集工具分別對網絡藥理學和代謝組學數據進行關聯,聚焦關鍵通路。 9.3代謝組學和網絡藥理關聯分析實例(Comput Struct Biotechnol J. 2021, 19:1002-1013) 創新點:整合代謝組學和網絡藥理學,從代謝小分子網絡和代謝組學功能分析出發,多維度聚焦關鍵通路和關鍵蛋白。 10、實例解析與練習 10.1 TCMSP數據庫獲取與篩選化學成分 10.2 Swiss Target Prediction數據庫預測成分靶點 10.3 DisGeNET數據庫獲取疾病靶點 10.4 化合物與疾病靶點映射 10.5 PPI網絡繪制 10.6 DAVID軟件進行富集分析 10.7 Cytoscape工具繪制成分-靶點圖 10.8 Metscape繪制代謝-酶網絡關聯圖 |